On estime que l’infection est asymptomatique ou subclinique chez environ 75 à 95 % des personnes infectées par le virus FSME. Si l’on considère en plus le pourcentage d’infection des tiques, environ 1 à 2 % des personnes piquées par une tique dans une zone d’endémie développent une maladie clinique.

L’infection par le virus FSME (sous-type viral européen) se développe en deux phases. Après 1 à 10 jours d’incubation, la première virémie entraîne une symptomatologie grippale. Après la rémission de ces symptômes et 1 à 10 jours plus tard, la symptomatologie neurologique se développe dans environ un tiers des cas. L’évolution de la deuxième phase est classifiée comme légère, modérée ou sévère, en fonction des parties du système nerveux central affectées par l’infection. La méningite (en Suisse, 22% des cas avec symptômes neurologiques) se manifeste par des maux de tête, des nausées, des vomissements, des vertiges et une rigidité de la nuque. Dans le cas de la méningo-encéphalite (55%), des symptômes cérébelleux s’y ajoutent; les troubles de la coordination des mouvements et les troubles de la conscience, qui peuvent varier de la somnolence au coma, sont typiques. La méningo-encéphalomyélite (3%) se manifeste par des signes de paralysie flaccide des bras, du dos ou des jambes, les extrémités supérieures étant plus souvent atteintes que les inférieures. Le pronostic est défavorable lorsque la moelle allongée et le tronc cérébral central sont affectés. Environ 1 à 2% des patients meurent d’une FSME.