Le CNRT a les mandats suivants:

• Diagnostic de référence pour la borréliose de Lyme et l’encéphalite à tiques
• Maintenance d’une collection de référence de spécimens pour les maladies transmises par les tiques
• Assurance de qualité et recherche dans le domaine du développement de tests
• Formation de personnel spécialisé et des non-professionnels
• Conseil scientifique
• Soutien aux autorités sanitaires dans la détection et surveillance des maladies transmises par les tiques (Sentinella)
• Participation à l’élaboration et mise en œuvre du Plan d’action suisse contre les tiques
• Coopération nationale et internationale et soutien du réseau

La prestation du CNRT est périodiquement contrôlée par le groupe consultatif du CNRT institué par l’OFSP.